Raphael Ebgi è professore associato di Storia della Filosofia presso la Facoltà di Filosofia dell’Università Vita-Salute San Raffaele di Milano, dove insegna «Letteratura dell’Umanesimo e Rinascimento» e «Cultura e civiltà dell’Umanesimo e Rinascimento». In precedenza è stato ricercatore presso l'Università della Svizzera Italiana, Lugano (2108-2020) e l'Istituto di Giudiastica della Freie Universität, Berlin (2012-2018).
Ha pubblicato una ricerca in tre volumi sulla storia e la filosofia dell'Umanesimo italiano. Il primo volume è una monografia dedicata alla vita e al pensiero di Giovanni Pico della Mirandola, dal titolo "Giovanni Pico della Mirandola: Mito, Magia, Qabbalah" (con G. Busi, Einaudi 2014). Il secondo, "Umanisti Italiani. Pensiero e Destino" (con M. Cacciari, Einaudi 2016) è un'ampia antologia odi testi umanistici editi e inediti. Il terzo, "Marsilio Ficino. Anima mundi: scritti filosofici" (Einaudi 2021) è uno studio, accompagnato da un'antologia ragionata, dedicato alla filosofia di Marsilio Ficino. È inoltre autore di un libro sulla filosofia del piacere di Ficino, intitolato "Voluptas: La filosofia del piacere nel giovane Marsilio Ficino" (Edizioni della Normale 2019), e curatore dell'edizione critica del "De Ente et Uno" di Giovanni Pico della Mirandola (Bompiani 2010).
Altri ambiti delle sue indagini sono la fortuna del pensiero umanistico nella storia della cultura italiana ed europea, e l’incontro tra tradizione umanistico-rinascimentale e mistica ebraica.
È membro del comitato scientifico del “Centro internazionale di cultura Giovanni Pico della Mirandola”, e dell' "Edizione Nazionale delle Opere di Giovanni Pico della Mirandola". È inoltre membro del comitato editoriale di riviste di filosofia quali “Philosophical Readings” e il “Giornale critico di storia delle idee”.